1860年12月20日，南卡罗来纳州的奴隶主召开代表大会，宣布南卡罗来纳与其他各州之间的以美利坚合众国为名的联邦从此解散，制造分裂活动。随之，有10个州相继退出联邦。
1861年1月，南部各州组织南方同盟，2月在蒙奇马利成立临时政府，戴维斯当选总统。4月12日，南军不宣而战，攻占了联邦政府军驻地萨姆特要塞，南北战争爆发。
面对严峻的形势，林肯最初试图同奴隶主谋求和解，劝告怀有不满情绪的同胞不要破坏联邦的统一，答应不涉及奴隶制的问题，但是南方人不愿做任何妥协。1861年4月15日，林肯发布宣言，宣布南部各州叛乱，号召人民为恢复联邦的统一而战。
南北双方从力量对比上看，北方具有压倒性的优势。北方联邦有23个州，2300万人口，几乎所有的重工业、军火工业和轻工业都集中在北方。南方联盟只有11个州，900万人口中有400万是渴求解放的黑人奴隶。南方大部分经济靠经营农业，只有为数不多的几个小型兵工厂。
但是，南方对战事早就做好了准备，内部不但拥有一支装备精良、训练有素的军队，外部也得到英、法两个列强的支持，因为英、法两国都不希望美--国的资本主义得到发展。
战争开始的第一天，林肯发表讲话，他号召忠于国家的各州在3个月内提供75000名士兵，以便联邦政府把叛乱镇压下去。在城镇和村庄里，人们同仇敌忾，各界人士为招募和装备军队进行募捐，几乎每个村镇都有人参军，他们庄严地宣誓要在7月中旬以前粉碎这次叛乱。
也是在同一天，距华盛顿大约25英里的地方，弗吉尼亚州马纳萨斯的布尔河畔南部联盟--BO雷加德将军率领的2500人的军队狂呼着向华盛顿进军的口号，气焰十分嚣张。
1861年6月29日，林肯召开内阁会议，讨论对南部联盟的作战方案。林肯决定，由麦克道尔将军率领一支3万人的军队进攻布尔河。但是由于军队缺乏训练，这次战斗仅打了一个白天就溃败了。首都华盛顿也险些被敌人攻下。
面对不断的失利，人民群众强烈要求政府以革命的方式进行战争。林肯当局顺应民意，颁布《宅地法》，规定公民有权获得一份土地。1863年1月1日，正式颁布《解放黑人奴隶宣言》，宣布南郎各州的奴隶永远获得自由，并允许黑人参加北方军队，宣言沉重地打击了南部的奴隶制度，奴隶们看到了曙光，纷纷起义，参加北方军队，也极大地调动了北方人民的激情。此举使整个战局发生了变化。
1865年3月，南北战争进入最后阶段。4月1日，北军在彼得斯堡附近与南军展开决战，南军遭到惨败。4月9日，在里士满以西95英里（约152公里）处阿波马托克斯村的一间小房子里，南部联盟罗伯特李向北军格兰特将军交出了他的全部军队，在投降书上签了字。
不久，南、北卡罗莱纳州的南部联盟的军队也全部投降。几周内，历时4年的南北战争以北方的胜利宣告结束。
北部的胜利维护了以联邦为形式的国家的统一，这是美--国历史上划时代的大事，它是独立革命的延续与深入，为资本主义的发展开辟了广阔的道路，因此也被称为美--国的第二次革命。由于扫除了奴隶制障碍，美--国资本主义经济以前所未有的速度发展起来，以致在30多年的时间里，美--国工业生产总值便由1860年的世界第四位一跃而为世界之冠，成为世界上经济力量最强大的国家。
