靖难之战一役，建文帝是生是死，他的结局到底怎样？众说纷纭，莫衷一是，成为明史第一谜案。因为建文帝在太祖（朱元璋）严苛统治之后，力行宽政，所以他的遭遇引起了无数人的同情，他的下落就格外引人好奇，在各种野史、戏剧里可以看到人们无尽的猜测和演绎。下台后的建文帝下落，却又成了千古疑案，众说纷坛。　
据《太宗实录》中记载，燕王进入金川门后，建文帝也想出来迎接燕王，然而又自叹道：我何面目相见耶!，不得已下令焚宫，顿时火光熊熊，建文帝携皇后马氏，跳入火中自焚，妃嫔侍从等，大都亦随其蹈火而死。燕王朱棣入宫后，清宫三日，搜查建文帝下落。宫内侍人都说建文帝已自焚，并从火堆里扒出一具烧焦的尸体证明之。燕王见到尸体，分不清男女，惨不忍睹，朱棣不胜悲戚，抚尸痛哭，说他只是前来帮助皇帝学善，你又何必自寻死路呢？其继位称帝后，只得以天子礼葬建文皇帝，事后，燕王朱棣遣官致祭，辍朝三日。《明史成祖本纪》及《明史方孝儒传》均持此说。近人孟森等学者也持建文帝自焚说。
《太宗实录》的可靠性为人们所质疑，因为朱棣就曾经三次修改《太宗实录》，目的就是要美化自己，为自己夺取皇位寻找冠冕堂皇的理由。《太宗实录》所记载建文帝自焚一事，就有很多人持怀疑态度。由于永乐朝的政治高压、文网严密，对建文帝出亡之事没有留下记载。天顺、正德朝之后，严峻的政治环境有所好转，关于建文帝出亡说的史料开始多起来。
我们发现，越是早的史料越是含糊，越是晚的史料越是具体。万历二年十月，13岁的神宗曾向张居正问及建文帝下落一事，张居正回答：国史不载此事，但先朝故者相传，言建文皇帝当靖难师入城，即削发披缁，从间道走出，后云游四方，人无知者。可见首辅张居正也倾向于建文帝出亡之说。值得注意的是，民间传闻已经入天子耳中，而且这时谈论建文帝出亡已经不再是禁忌话题。
关于建文帝出亡一事，谷应泰《明史纪事本末》中的记载最具有代表性。他认为建文帝并未自焚，而是在大臣的保护下由密道逃出南京。
建文四年夏六月乙丑，建文帝知金川门失守，燕军破城后，长吁短叹，无可奈何，遂想一死了之。此时少监王钺告诉他：你祖父临死时，给你留下一个铁箱子，让我在你大难临头时交给你。我一直把它秘密收藏在奉先殿内。群臣急忙把箱子抬来，打开一看，里边有三张度牒，就是做僧人的身份证，上面写好了建文帝等三个人的名字。还放着三件僧衣、一把剃头刀、白金十锭、遗书一封，书中写明：建文帝从鬼门出，其他人从水关御沟走，傍晚在神乐观西房会集。据此，建文帝三人剃了头，换上了僧衣，只带了九个人来到鬼门。鬼门在太平门内，是内城一扇小矮门。仅容一人出入，外通水道，建文帝和其他八人弯着身子一起出了鬼门后，就看见水道上停放着一只小船，船上站着一位僧人，僧人招呼他们上船，并向建文帝叩首称万岁，建文帝问他怎么知道我有难，僧人答道：我叫王升，是神乐观住持，昨夜梦见你祖父朱元璋，他本是出家之人，叫我在此等候，接你入观为僧。乃乘舟至太平门，等到黄昏时才到观里。不久杨应能、叶希贤等13人同至。
上面这段文字的真实性的确让人有所怀疑，可谷应泰偏偏讲得栩栩如生，至此，建文帝似削发为僧，这令人真假难辨。清代名人吕安世和近人蔡东藩等则采信之。建文帝到底是自焚而死呢，还是由密道逃离南京？史学家对此各持一说，尚无定论。当年清朝编修《明史》之时，明史馆中诸史臣即对此意见不一。撰写《明史恭闵帝本纪》的徐嘉炎认为建文帝未死于火，而是逊国外逃。而同在明史馆的著名学者朱彝尊则相信《明实录》的记载，认为建文帝已死于火。于是，正如我们所见，《明史恭闵帝本纪》便有如下的表述：宫中火起，帝不知所终。看来当时谁也拿不出证据证明自己的观点，只好选择这种折中的意见。
现在，随着对建文帝出亡问题研究的不断深入，对史料掌握的不断增多，相信建文帝未自焚而是出亡的人渐多。那么，明成祖朱棣礼葬的是建文帝吗？有人认为当时下葬的并不是建文帝而很可能是建文帝的皇后马氏。朱棣在废墟中找到的尸身面目全非，难以分辨真伪。而且，史料没有发现安葬马皇后的记载。还有一点值得注意的是，在明朝中后期竟然没有人知道建文帝葬于何处，可见当时的人也都不认为真的安葬过建文帝，因此不用祭奠扫墓，时间久远就变得无人知晓了。其实，朱棣本人也可能知道礼葬的并不是建文帝本人，但这并不影响举行礼葬仪式，因为只有这样才可以遮蔽天下人耳目，才可以名正言顺地坐上皇帝的宝座。
另外的一个疑点就是城破时没有发现建文帝的长子。当时建文帝有两个皇子：长子朱文奎，7岁，次子朱文圭，2岁。朱文圭，史称建庶人，被成祖幽禁在广安宫，直到英宗天顺年间才被放出来，当时已经57岁了。由于一直被关在宫内，出来时连牛马都分辨不清。然而作为建文帝长子的朱文奎却一直下落不明。《明史》中说燕师入，七岁矣，莫知所终。既然朱文奎可以逃脱，没有理由相信建文帝不能出亡。而且，所谓的靖难之役长达4年，并非朝夕之间，建文帝有充分的时间准备。朱棣进入南京时，江南、西北、西南、东南等大部分还都不在朱棣的控制之下，建文帝有能力组织有效的反攻。
也有人指出，建文帝自焚身亡是历史真实，因为当时燕军兵临城下，把紫禁宫团团围住，建文帝想逃也来不及了，更何况经考查也无鬼门、御沟逃路。建文帝也深知他的四叔是个贪权无厌、残暴无情的武夫，落在他手里绝无好下场，不如以死了之为上策。燕王朱棣也绝不会让建文帝活下去，否则，他就不能当皇帝。
那么，既然建文帝有可能逊国出亡，他又去了哪里呢？综合各种资料，有如下八种说法：
一、逊国为僧，云游四方。正如《明史纪事本末》记载，建文帝从南京逃出后，带着杨应能、叶希贤、程济两比丘一道，隐名易服，云游天下。学者根据地方志、遗迹、遗址等资料考证，认为建文帝曾流亡于云南、贵州、四川、湖北、江浙、广东等地，《明史纪事本末》说他为逃脱追捕，西游重庆，东到天台，转入祥符，侨居西粤，中间结庵于白龙，题诗于罗永，两入荆楚之乡，三幸史彬之第。